収用裁決取消請求訴訟は、元地権者のうち364名が、収用手続の瑕疵を根拠に、収用裁決は違法として、平成12年1月6日に提訴した。平成13年11月12日の口頭弁論では、収用手続における土地・物件調書の署名押印手続について原告側証人尋問が行われ、平成14年4月18日には、収用委員会の公開審理について原告側証人尋問が行われている。なお、収用裁決取消請求訴訟は、平成13年1月24日から事業認定取消請求訴訟と併合後、平成14年4月18日以降審理が行われていない。平成16年末、原告及び被告から最終準備書面が裁判所に提出され、平成17年4月、結審した。

平成17年11月25日、東京地方裁判所は、事業認定取消請求訴訟及び収用裁決取消請求訴訟について、事業認定及び収用裁決いずれも適法と認め、原告らの請求を退ける判決を言い渡した。
平成17年12月9日、原告らの一部は、この判決を不服として東京高等裁判所に控訴した。

事業認定取消請求訴訟及び収用裁決取消請求訴訟控訴審（被告 東京都及び東京都収用委員会）

平成18年5月15日に控訴審の第1回口頭弁論が東京高等裁判所において開かれた。
平成19年10月29日に結審し、平成20年3月31日に判決が言い渡され、控訴人らの控訴が棄却された。
平成20年4月14日に、この判決を不服として控訴人らは最高裁判所に上告した。

平成21年7月2日、最高裁判所は上告を棄却し、判決が確定した。