代執行費用納付命令取消請求訴訟は、元地権者の一人が、収用手続の瑕疵及び納付命令額の不服を根拠として、平成13年12月28日に提訴した。主に代執行の適法性が争点となっており、平成16年11月、被告側証人尋問が、平成17年2月及び平成18年2月には原告側証人尋問が行われた。
平成18年3月16日、原告及び被告双方から最終準備書面が提出され、同日結審した。

平成18年4月28日、東京地方裁判所は、代執行費用納付命令取消請求訴訟について、納付命令自体を違法とするような行政代執行の違法はないとしたが、代執行の納付命令額の一部を取り消す判決を言い渡した。 
同年5月11日、被告は、この判決を不服として東京高等裁判所に控訴した。

代執行費用納付命令取消訴訟控訴審（被告 東京都）

平成18年10月2日に控訴審の第1回口頭弁論が東京高等裁判所において開かれた。
平成19年3月28日、東京高等裁判所は、両者の各控訴をいずれも棄却する判決を言い渡した。
その後、両者ともに上告せず、判決が確定した。