事業認定取消請求訴訟は、元地権者10名が、組合の管理能力の欠如等を根拠に、知事が行った事業認定は違法として、平成8年3月12日に提訴した。平成9年7月から証拠調べがはじまり、平成13年7月23日には、地質学者の坂巻幸雄氏の原告側証人尋問が行われた。平成14年5月30日以降は、進行協議に入り、主に処分場の周辺環境への影響の調査について協議が行われ、平成16年3月、裁判所立会いの下に処分場の地下水等の鑑定調査が行われた。平成16年末、原告及び被告から最終準備書面が裁判所に提出され、平成17年4月、結審した。